Het NGJ heeft een bestuur dat bestaat uit vijf leden. Deze vrijwilligers zijn verantwoordelijk voor de inhoudelijke koers die het NGJ vaart. Eens in de twee maanden komt het bestuur bij elkaar om te vergaderen. Daarnaast worden de bestuursleden soms ingezet voor het uitvoeren van praktische taken. Het bestuur bestaat uit de volgende personen:

Jan Kees Nentjes (Apeldoorn)
Voorzitter

Tom Versteeg (Apeldoorn)
Penningmeester



Sinds een jaar is er een Raad van Toezicht. Deze raad controleert het bestuur. Dat moet ook, want het is belangrijk dat het bestuur op een verantwoorde manier omgaat met het geld dat het NGJ van de kerken krijgt. De Raad houdt niet alleen toezicht, maar denkt ook mee over inhoudelijke zaken. De Raad bestaat uit de volgende personen:

Jan-Willem Bosman (Capelle a.d. IJssel)

Koos van Aller (Amersfoort)